91精品人妻人人做人碰人人爽|亚洲欧美日韩综合一区|国产激情情趣小视频在线观看|人妻系列无码中文字幕专区

IDT NGS二代測序文庫均一化試劑盒
——獲得高度穩定且均一化處理的DNA/RNA測序文庫

 
北京(jing)澤平代理(li)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)美國進(jin)(jin)口(kou)IDT xGen Normalase 文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)均一(yi)化(hua)(hua)試劑(ji)盒(he)，采用(yong)(yong)了一(yi)種新型酶促文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)均一(yi)化(hua)(hua)處(chu)理(li)技術，可(ke)對(dui)Illumina測序(xu)(xu)儀測序(xu)(xu)前(qian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)DNA或(huo)RNA文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)進(jin)(jin)行均一(yi)化(hua)(hua)處(chu)理(li)。通過IDT文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)均一(yi)化(hua)(hua)試劑(ji)盒(he)，上(shang)(shang)機前(qian)無需(xu)(xu)進(jin)(jin)行單個文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)濃(nong)度(du)檢(jian)測，可(ke)得到優化(hua)(hua)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)簇密度(du)和更(geng)均衡(heng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)。IDT文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)均一(yi)化(hua)(hua)處(chu)理(li)試劑(ji)盒(he)可(ke)搭(da)配(pei)常規建庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)實(shi)(shi)(shi)(shi)驗(yan)流(liu)(liu)程(cheng)，不(bu)僅能縮短實(shi)(shi)(shi)(shi)驗(yan)整(zheng)體的(de)(de)(de)(de)(de)(de)操(cao)作(zuo)(zuo)時間，還能提高NGS文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)上(shang)(shang)機濃(nong)度(du)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)精確性，實(shi)(shi)(shi)(shi)現混合文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)間測序(xu)(xu)數據量(liang)(liang)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)均一(yi)性。IDT文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)均一(yi)化(hua)(hua)處(chu)理(li)實(shi)(shi)(shi)(shi)驗(yan)流(liu)(liu)程(cheng)包括文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)非偏好性選擇、酶均一(yi)化(hua)(hua)反(fan)應，在文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)擴(kuo)(kuo)增中(zhong)使用(yong)(yong)帶有Normalase標(biao)記(ji)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)引(yin)物(wu)，可(ke)穩(wen)定得到3倍(bei)于(yu)目標(biao)均一(yi)化(hua)(hua)濃(nong)度(du)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)產量(liang)(liang)。例(li)如上(shang)(shang)機前(qian)文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)濃(nong)度(du)需(xu)(xu)要(yao)均一(yi)化(hua)(hua)為(wei)2nM或(huo)4nM的(de)(de)(de)(de)(de)(de)標(biao)準文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)產量(liang)(liang)，則IDT均一(yi)化(hua)(hua)反(fan)應前(qian)文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)濃(nong)度(du)至少分別為(wei)6nM或(huo)12nM（20ul體積）。該實(shi)(shi)(shi)(shi)驗(yan)過程(cheng)中(zhong)不(bu)需(xu)(xu)要(yao)增加額(e)外PCR步驟，僅需(xu)(xu)將常規文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)擴(kuo)(kuo)增引(yin)物(wu)替(ti)換成帶有Normalase標(biao)記(ji)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)測序(xu)(xu)通用(yong)(yong)引(yin)物(wu)或(huo)帶有樣本標(biao)簽(qian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)引(yin)物(wu)。IDT xGen Normalase 文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)均一(yi)化(hua)(hua)試劑(ji)盒(he)為(wei)高通量(liang)(liang)實(shi)(shi)(shi)(shi)驗(yan)室(shi)提供了快速、可(ke)擴(kuo)(kuo)展(zhan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)文(wen)(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)(ku)標(biao)準化(hua)(hua)工作(zuo)(zuo)流(liu)(liu)程(cheng)。


優勢

①節省時間，提(ti)高通量：統一的(de)樣本處理過(guo)程，生成(cheng)平衡均(jun)一的(de)混合文(wen)庫；

②減少文庫(ku)測序差異，降(jiang)低(di)測序費用：得(de)到更平衡的(de)混(hun)合文庫(ku)，允許更多的(de)樣(yang)本(ben)混(hun)合上(shang)機，降(jiang)低(di)測序成本(ben)；

③適用多種(zhong)工作流程(cheng)，設計靈(ling)活(huo)：兼(jian)容多種(zhong)文庫制備方法，獲(huo)得均一平衡的測(ce)序數據。



圖. IDT xGen Normalase 文(wen)庫(ku)(ku)均(jun)一化(hua)(hua)試劑盒的(de)(de)(de)(de)工作(zuo)流程始于建庫(ku)(ku)接頭(tou)連接反(fan)(fan)應后(hou)，工作(zuo)流程根(gen)據使(shi)(shi)用(yong)全長(chang)(chang)(chang)或短接頭(tou)而不同。通過(guo)Normalase PCR，將文(wen)庫(ku)(ku)擴(kuo)增(zeng)(zeng)到(dao)均(jun)一化(hua)(hua)處理反(fan)(fan)應所(suo)需(xu)最低(di)數量，然(ran)后(hou)進(jin)行下游的(de)(de)(de)(de)酶均(jun)一化(hua)(hua)處理。在此(ci)過(guo)程中，如連接反(fan)(fan)應中使(shi)(shi)用(yong)全長(chang)(chang)(chang)接頭(tou)，PCR擴(kuo)增(zeng)(zeng)需(xu)使(shi)(shi)用(yong)帶有(you)(you)Nomalase標記的(de)(de)(de)(de)測(ce)序通用(yong)引物；如使(shi)(shi)用(yong)非(fei)全長(chang)(chang)(chang)接頭(tou)，則需(xu)使(shi)(shi)用(yong)帶有(you)(you)Normalase標記的(de)(de)(de)(de)樣(yang)本標簽作(zuo)為擴(kuo)增(zeng)(zeng)引物。將擴(kuo)增(zeng)(zeng)好(hao)的(de)(de)(de)(de)單個NGS文(wen)庫(ku)(ku)分別進(jin)行15分鐘Normalase l 孵(fu)育，此(ci)反(fan)(fan)應過(guo)程使(shi)(shi)用(yong)酶促法，可以(yi)無偏好(hao)性(xing)地選(xuan)擇(ze)指定(ding)摩爾濃度的(de)(de)(de)(de)NGS文(wen)庫(ku)(ku)。之后(hou)，將每(mei)個文(wen)庫(ku)(ku)等體積的(de)(de)(de)(de)混合(he)到(dao)一管中，進(jin)行15分鐘Normalase II 孵(fu)育，酶促法將每(mei)個NGS文(wen)庫(ku)(ku)標準化(hua)(hua)到(dao)指定(ding)的(de)(de)(de)(de)摩爾濃度。實現上機測(ce)序前(qian)，得到(dao)平衡且(qie)均(jun)一化(hua)(hua)的(de)(de)(de)(de)NGS混合(he)文(wen)庫(ku)(ku)。

 

 
一、不同片段大小，也可得到高度穩定且均一化測序文庫



表. 使用IDT Normalase試(shi)劑盒將文庫均一化處(chu)理成4nM，上樣濃度(du)為12pM，得到和(he)預期一致的簇密度(du)（Illumina MiSeq測序，v2版(ban)本試(shi)劑）。
 
 

 
二、相比傳統上機定量方式，可得到數據量更均一的混合文庫



圖(tu)．測(ce)試分別來(lai)自(zi)于兩名(ming)實驗者（n=16/每名(ming)實驗者）的32個樣品，使(shi)用IDT xGen DNA Library Prep EZ 試劑盒構建(jian)文(wen)(wen)庫(ku)(ku)。實驗樣本為(wei)NA12878 gDNA，起始量為(wei)1~250ng。Normalase PCR后(hou)的文(wen)(wen)庫(ku)(ku)使(shi)用qPCR方法(fa)定量，保證文(wen)(wen)庫(ku)(ku)達到Normalase反應所(suo)需最低(di)閾值。"qPCR"：基(ji)于qPCR定量結(jie)果(guo)，對文(wen)(wen)庫(ku)(ku)進(jin)行(xing)均一(yi)化(hua)處(chu)理、混樣和測(ce)序；“Normalase"：同(tong)樣樣品使(shi)用Normalase試劑盒，對文(wen)(wen)庫(ku)(ku)進(jin)行(xing)混樣、均一(yi)化(hua)處(chu)理和測(ce)序。比(bi)較兩種方法(fa)每種接頭測(ce)序產生數(shu)據百(bai)分比(bi)（Illumina MiSeq v2的50循環測(ce)序試劑盒）。結(jie)果(guo)顯示： qPCR混合文(wen)(wen)庫(ku)(ku)中文(wen)(wen)庫(ku)(ku)測(ce)序數(shu)量變異系(xi)數(shu)（CV）為(wei)22.5%，而Normalase混合文(wen)(wen)庫(ku)(ku)池的變異系(xi)數(shu)為(wei)9.4%（中位線為(wei)95%的置信區間）。




圖. 10ng NA12878 gDNA，使(shi)(shi)(shi)用IDT xGen DNA Library Prep EZ 試劑盒構建(jian)96個文(wen)庫(ku)，搭配IDT xGen CDI接頭(tou)引物進行(xing)擴(kuo)增。文(wen)庫(ku)混樣、均(jun)一化處(chu)理前(qian)，使(shi)(shi)(shi)用Qubit定量結果(guo)做等體積的文(wen)庫(ku)混樣，之后使(shi)(shi)(shi)用Illumina MiSeq V2測序試劑盒上(shang)機測序（50個循(xun)環(huan)），通(tong)(tong)過每種接頭(tou)產生測序數據量百分比進行(xing)比較。均(jun)一化反應之前(qian)混合(he)文(wen)庫(ku)池CV為(wei)(wei)15.5%，證明(ming)Normalase引物的擴(kuo)增結果(guo)穩定、重(zhong)復性好(hao)。將相(xiang)同的文(wen)庫(ku)均(jun)一化處(chu)理到4nM，并使(shi)(shi)(shi)用Illumina MiSeq V2 50循(xun)環(huan)測序試劑盒上(shang)機測序。均(jun)一化處(chu)理后，文(wen)庫(ku)CV降為(wei)(wei)7.7%，證明(ming)通(tong)(tong)過IDT xGen Normalase 可得到更加均(jun)一化的混合(he)文(wen)庫(ku)（中位線(xian)為(wei)(wei)95%置信(xin)區間）。

 


圖. 針對不同GC%含(han)量基(ji)因組細菌的測序(xu)覆蓋度(du)及冗余率結果

使用IDT xGen DNA Library Prep EZ 建(jian)庫(ku)試劑盒(he)，起始量為100ng DNA，包含三種不同(tong)比例(li)混(hun)合(he)的參(can)考(kao)菌(jun)株（大(da)腸桿菌(jun)、金黃色葡萄(tao)球(qiu)菌(jun)、鏈酶球(qiu)菌(jun)）。片(pian)段(duan)化DNA至350bp，建(jian)庫(ku)時搭配全長的Y型接頭進(jin)行(xing)連接，使用Normalase標記的通(tong)用測序引物擴增3、5或(huo)7個循環。依據qPCR定量結果進(jin)行(xing)文庫(ku)混(hun)合(he)，并使用Illumina MiSeq PE150 測序。測序結果顯示，不同(tong)GC%含量基因組細菌(jun)的測序覆蓋度及冗(rong)余率沒有顯著差異(yi)。




圖. 使用IDT文庫均一化試劑(ji)盒，對插入片(pian)段(duan)大(da)小即(ji)菌種覆蓋度評(ping)估(gu)無影(ying)響

將5ng的(de)(de)(de)MSA-1000樣品（GC%基因組(zu)含量不同的(de)(de)(de)10種等(deng)比例(li)混合菌株），用IDT xGen DNA Library Prep EZ 試劑(ji)盒構建文(wen)(wen)庫(ku)，分別用IDT Normalase標(biao)記(ji)引物(wu)（紫(zi)紅(hong)色）和IDT普通(tong)引物(wu)（藍色）對兩個(ge)文(wen)(wen)庫(ku)進(jin)(jin)行擴增。使用IDT均(jun)一(yi)(yi)化(hua)(hua)試劑(ji)盒或(huo)Qubit將文(wen)(wen)庫(ku)均(jun)一(yi)(yi)化(hua)(hua)處理(li)為4nM。進(jin)(jin)行Illumina MiniSeq 平臺高通(tong)量上機（PE-150）測序。實(shi)驗(yan)結果顯示，所構建的(de)(de)(de)基因組(zu)文(wen)(wen)庫(ku)中（由不同GC%含量的(de)(de)(de)細菌組(zu)成），經IDT均(jun)一(yi)(yi)化(hua)(hua)處理(li)的(de)(de)(de)文(wen)(wen)庫(ku)，仍保持著穩定插(cha)入片段大小（A）和高基因組(zu)覆蓋度（B）。

 

 
三、文庫均一化試劑盒的使用，不影響原有RNA測序數據分析結果

平(ping)行(xing)(xing)(xing)對(dui)比RNA文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)進行(xing)(xing)(xing)上機(ji)前均(jun)(jun)(jun)一(yi)化(hua)處(chu)(chu)理使用IDT文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)均(jun)(jun)(jun)一(yi)化(hua)試(shi)劑盒（n=2）、qPCR方法（n=2）的(de)效果(guo)。4個(ge)(ge)RNA-seq文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)（50ng人腦mRNA樣(yang)(yang)本(ben)）分(fen)別使用帶(dai)有Normalase標(biao)(biao)(biao)記(ji)的(de)雙(shuang)端樣(yang)(yang)本(ben)標(biao)(biao)(biao)簽(qian)、常(chang)規雙(shuang)端樣(yang)(yang)本(ben)標(biao)(biao)(biao)簽(qian)進行(xing)(xing)(xing)文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)制備(bei)。將(jiang)(jiang)(jiang)帶(dai)有常(chang)規樣(yang)(yang)本(ben)標(biao)(biao)(biao)簽(qian)的(de)文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)（標(biao)(biao)(biao)記(ji)為"1"和(he)"2"號文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)），按qPCR定量結(jie)果(guo)進行(xing)(xing)(xing)文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)均(jun)(jun)(jun)一(yi)化(hua)及混樣(yang)(yang)。將(jiang)(jiang)(jiang)帶(dai)有Normalase標(biao)(biao)(biao)記(ji)的(de)文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)（標(biao)(biao)(biao)記(ji)為"3"和(he)“4號文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)），在文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)制備(bei)完成(cheng)后，搭配IDT文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)均(jun)(jun)(jun)一(yi)化(hua)試(shi)劑盒，將(jiang)(jiang)(jiang)RNA文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)均(jun)(jun)(jun)一(yi)化(hua)處(chu)(chu)理至(zhi)4nM。通過MiniSeq （2×150）上機(ji)測(ce)序(xu)，證(zheng)明IDT文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)均(jun)(jun)(jun)一(yi)化(hua)試(shi)劑盒對(dui)RNA-seq分(fen)析(xi)結(jie)果(guo)無影響。將(jiang)(jiang)(jiang)各文(wen)(wen)(wen)庫(ku)(ku)(ku)均(jun)(jun)(jun)一(yi)化(hua)處(chu)(chu)理至(zhi)4nM后上機(ji)測(ce)序(xu)，使用STAR、Picard及RSeQC進行(xing)(xing)(xing)比對(dui)、進行(xing)(xing)(xing)RNA-sec數據分(fen)析(xi)。韋恩(en)圖結(jie)果(guo)顯(xian)示(shi)，每個(ge)(ge)樣(yang)(yang)本(ben)中檢測(ce)到的(de)前1000個(ge)(ge)轉錄本(ben)結(jie)果(guo)沒有顯(xian)著差異。


 

表. 相(xiang)同RNA文庫(ku)，分別使用(yong)qPCR文庫(ku)定(ding)量、IDT Normalase文庫(ku)均(jun)(jun)一(yi)化試(shi)(shi)劑盒進(jin)行文庫(ku)均(jun)(jun)一(yi)化處(chu)理，其RNA-seq數(shu)據(ju)分析結果(guo)比較。由于IDT試(shi)(shi)劑盒使用(yong)非偏好(hao)性的酶促方法進(jin)行文庫(ku)均(jun)(jun)一(yi)化處(chu)理，因(yin)而(er)兩種文庫(ku)均(jun)(jun)一(yi)化處(chu)理有著近似(si)的RNA-seq分析結果(guo)，與預期相(xiang)符(fu)。
 



表. 相同RNA文庫(ku)(ku)，分(fen)別使用qPCR文庫(ku)(ku)定量(liang)、IDT Normalase文庫(ku)(ku)均(jun)一(yi)化試劑盒(he)進(jin)行(xing)文庫(ku)(ku)均(jun)一(yi)化處(chu)理，其1000個高(gao)表達轉(zhuan)錄本分(fen)析結果比(bi)較。由(you)于IDT試劑盒(he)使用非偏好性的酶促方法進(jin)行(xing)文庫(ku)(ku)均(jun)一(yi)化處(chu)理，因(yin)而二者的1000個高(gao)表達轉(zhuan)錄本RNA-seq分(fen)析結果近(jin)似(si)，與(yu)預(yu)期相符。

 
圖. 韋(wei)恩圖顯(xian)示(shi)每個樣本(ben)中檢測到的前1000個轉(zhuan)錄本(ben)結果沒有(you)顯(xian)著差異
 


 

 
IDT文庫均一化試劑盒優勢

①可靈活調(diao)整均(jun)一(yi)化處理后(hou)文庫(ku)濃(nong)度(du)(du)，只需(xu)樣本擴增(zeng)后(hou)濃(nong)度(du)(du)超過最少文庫(ku)量閾值，即可保證最終所需(xu)文庫(ku)濃(nong)度(du)(du)均(jun)一(yi)化；

②處(chu)理后(hou)的均(jun)一(yi)(yi)化文庫濃度為4nM，選擇使用(yong)≥6nM均(jun)一(yi)(yi)化工(gong)作流程(cheng)時，最終(zhong)文庫濃度為2nM；

③混合文庫(ku)間測序變異系(xi)數(shu)系(xi)數(shu)≤10%；

④試(shi)劑盒兼容(rong)(rong)性強，可兼容(rong)(rong)全長測(ce)序接頭(tou)或(huo)短接頭(tou)的建庫流程；兼容(rong)(rong)非靶向富集(ji)(ji)的工(gong)作流程，制備(bei)的文(wen)庫可直接測(ce)序（如全基因組測(ce)序或(huo)全轉錄組測(ce)序）；兼容(rong)(rong)雜交(jiao)捕(bu)獲流程，即靶向富集(ji)(ji)完成后上機前的文(wen)庫均一化。需保證均一化反應前，有穩(wen)定的文(wen)庫產量(liang)（20μL反應體系中文(wen)庫摩爾濃度≥6nM或(huo)≥12nM），以得到標(biao)準的2nM/4nM文(wen)庫量(liang)；

⑤兼容IDT xGen接頭、IDT xGen Normalase CDl引(yin)物、IDT xGen Normalase UDI引(yin)物；

⑥兼容(rong)Illumina測序平臺，并可(ke)獲得一致(zhi)的測序結果。
 

 

北京澤平代理的IDT文庫均一化試劑盒產品
 

 


更多IDT NGS二(er)代測序產品，歡迎點(dian)擊右側在線咨詢
——IDT一級(ji)代(dai)理(li)商，北京澤平