IDT Alt-R™ CRISPR-Cas12a(Cpf1)基因編輯系統工具
——crRNA化學定制合成，重組Cas12a核酸酶
北京澤平代理的進口IDT（Integrated DNA Technologies）Alt-R™ CRISPR-Cas12a（Cpf1）基因編輯系統，提供CRISPR-Cas12a（Cpf1）中crRNA（CRISPR-derived RNA）的化學合成定制服務，并生產商品化通用型重組Cas12a核酸酶（Cas12a nuclease，即Cpf1核酸酶，限制性內切酶，基因組DNA雙鏈剪切）、以及增強RNP（ribonucleoprotein，核糖核蛋白復合體）電轉染效率的電穿孔增強劑、增強HDR（Homology directed repair，同源重組修復）概率的HDR增強劑、HDR供體DNA的化學合成服務，提供多重基因組編輯所需全套試劑的工具平臺，為因物種基因組富含A、T、DNA靶點不合適而無法使用常規IDT Alt-R™ CRISPR-Cas9系統，提供了更多選擇。
點擊關鍵(jian)詞(ci)直達產品
▲IDT Alt-R CRISPR-Cas12a（Cpf1）系統（crRNA、Cas12（Cpf1）核酸酶、電穿孔增強劑、HDR增強劑、HDR DNA供體）
▲IDT Alt-R CRISPR-Cas9系統
tips：Ctrl+F，可在瀏覽器中快速搜索貨號、產品關鍵詞，如未能找到產品，請直接點擊右側在線咨詢
IDT Alt-R™ CRISPR-Cas12a（Cpf1）概述
IDT的Alt-R™ CRISPR-Cas12a（Cpf1）系統，對crRNA序列進行優化縮短、化學修飾，對Cas12a（Cpf1）核酸酶結構域進行優化，獲得了高保真的雙鏈剪切功能，使用時僅需混合crRNA和Cas12a（Cpf1）核酸酶，再通過電穿孔（如Lonza Nucleofector核轉染系統）轉染RNP，可進行精確地基因編輯操作。
傳統構建CRISPR-Cas12a（Cpf1）質粒的方法，質粒大小高達6-10kb，很難轉染，而如使用原代細胞等難轉染的細胞，轉染效率更低。且質粒不斷產生CRISPR-Cas12a，使脫靶率顯著增加。IDT轉染RNP蛋白復合體的方法，通過優化CRISPR-Cas12a（Cpf1）組件，在提升剪切精確性的基礎上，提(ti)高轉染效率(lv)、減少細(xi)胞毒性、降低脫(tuo)靶率(lv)，進而提高了基因編輯效率。
IDT Alt-R™ CRISPR-Cas12a（Cpf1）產品
1、Cas12a（Cpf1）核酸酶
Alt-R™ Cas12a（Cpf1）核酸酶(mei)(mei)，添加核定位序(xu)(xu)列(lie)（Nuclear localization sequence，NLS），經(jing)序(xu)(xu)列(lie)優化(hua)，提高中靶率(lv)(lv)，降低(di)脫(tuo)靶率(lv)(lv)。V3酶(mei)(mei)和Ultra酶(mei)(mei)均可識別(bie)TTTV，而(er)Ultra核酸酶(mei)(mei)增(zeng)加了對TTTT的PAM（前(qian)間(jian)區序(xu)(xu)列(lie)鄰(lin)近基序(xu)(xu)，protospacer adjacent motif）識別(bie)。注：V=A、C、G
| 貨號 |
產品(pin)名稱 |
規格 |
備注 |
| 1081068 |
Alt-R™ A.s. Cas12a (Cpf1) V3, 100 µg |
100 µg |
識別TTTV位(wei)點(dian)，10 µg/µL，100 µg = 633 pmol |
| 1081069 |
Alt-R™ A.s. Cas12a (Cpf1) V3, 500 µg |
500 µg |
| 10001272 |
Alt-R™ A.s. Cas12a (Cpf1) Ultra, 100 µg |
100 µg |
識別TTTN位(wei)點，N表(biao)示(shi)A、T、C、G堿基(ji) |
| 10001273 |
Alt-R™ A.s. Cas12a (Cpf1) Ultra, 500 µg |
500 µg |
| 10007804 |
Alt-R™ A.s. Cas12a (Cpf1) Ultra, 5 mg |
5 mg |
| 10007922 |
Alt-R™ L.b. Cas12a (Cpf1) Ultra, 100 µg |
100 µg |
識別(bie)TTTN位點，10 µg/µL，100 µg = 670 pmol |
| 10007923 |
Alt-R™ L.b. Cas12a (Cpf1) Ultra, 500 µg |
500 µg |
| 10007924 |
Alt-R™ L.b. Cas12a (Cpf1) Ultra, 5 mg |
5 mg |
2、crRNA（定制）
Alt-R™ Cas12a crRNA，定制合(he)(he)成(cheng)(cheng)的crRNA，包(bao)含20-24nt的特異(yi)性序列(lie)（定制）和20nt的通用序列(lie)，相比野(ye)生型，序列(lie)更短，中(zhong)靶率更高。經(jing)化(hua)學修飾防止被細胞核(he)糖核(he)酸(suan)酶降解(jie)。需要與Cas12a（Cpf1）核(he)酸(suan)酶結合(he)(he)形成(cheng)(cheng)RNP復合(he)(he)體(ti)。
| 貨(huo)號 |
產品名稱 |
規格 |
備(bei)注 |
| 定制 |
Alt-R™As Cas12a crRNA，2 nmol |
2 nmol |
40-45bp，與As.cas12a酶(mei)結合(he)使用 |
| 定制 |
Alt-R™As Cas12a crRNA，10 nmol |
10 nmol |
| 定(ding)制(zhi) |
Alt-R™ L.b. Cas12a crRNA, 2 nmol |
2 nmol |
40-45bp，與L.b.cas12a酶結(jie)合使用(yong) |
| 定(ding)制 |
Alt-R™ L.b. Cas12a crRNA, 10 nmol |
10 nmol |
3、電穿孔增強劑
Alt-R™ Cas12a電穿(chuan)(chuan)孔Enhancer，是(shi)Cas12a特異性的載體DNA，當使(shi)用原代細(xi)胞或難轉(zhuan)染(ran)細(xi)胞系時(shi)，可提(ti)高(gao)Lonza(原Amaxa）Nucleofector核轉(zhuan)染(ran)系統(tong)等(deng)電穿(chuan)(chuan)孔設備的對RNP的轉(zhuan)染(ran)效率，進而提(ti)高(gao)實(shi)驗(yan)效率。
| 貨號(hao) |
產品(pin)名稱(cheng) |
規格 |
備(bei)注 |
| 1076300 |
Alt-R™ Cpf1 Electroporation Enhancer, 2 nmol |
2 nmol |
電穿孔增(zeng)強(qiang)(qiang)劑，增(zeng)強(qiang)(qiang)轉(zhuan)染效率 |
| 1076301 |
Alt-R™ Cpf1 Electroporation Enhancer, 10 nmol |
10 nmol |
4、HDR增強劑
Alt-R™ HDR Enhancer，小分子(zi)化合(he)物，可(ke)提高同源重(zhong)組修復概(gai)率。在包括(kuo)貼壁、懸浮的大量細(xi)胞系中(zhong)均有活性，可(ke)用于Cas12a（Cpf1）核(he)酸酶、Cas9核(he)酸酶。
| 貨號 |
產品名稱 |
規格 |
備(bei)注(zhu) |
| 10007910 |
Alt-R™ HDR Enhancer V2, 30 µL |
30 µL |
HDR增強劑，增加(jia)同源(yuan)重(zhong)組修復傾(qing)向性(xing) |
| 10007921 |
Alt-R™ HDR Enhancer V2, 150 µL |
150 µL |
| 1081072 |
Alt-R™ HDR Enhancer, 100 µL |
100 µL |
| 1081073 |
Alt-R™ HDR Enhancer, 500 µL |
500 µL |
5、供體DNA（定制）
Alt-R™ HDR供體寡(gua)(gua)核苷酸：專門為同源重組修復基因敲入開發(fa)，具(ju)有比標準寡(gua)(gua)核苷酸更(geng)高的穩定性(xing)和更(geng)高的摻入率。
| 貨號 |
產品(pin)名稱 |
規格 |
備注 |
| 定制(zhi) |
Alt-R HDR Donor Oligo, 2 nmol |
2 nmol |
45-200nt，Alt-R修(xiu)(xiu)飾和硫代磷酸酯PS修(xiu)(xiu)飾 |
| 定制 |
Alt-R HDR Donor Oligo, 10 nmol |
10 nmol |
| 定制 |
Alt-R™ HDR Donor Block, 201-500 bp, 3 µg |
3 µg |
非常(chang)適合進行段基因組的(de)修(xiu)改和插入(ru)；帶修(xiu)飾(shi)雙鏈(lian)DNA |
| 定制 |
Alt-R™ HDR Donor Block, 201-500 bp, 10 µg |
10 µg |
| 定制(zhi) |
Alt-R™ HDR Donor Block, 501-2000 bp, 3 µg |
3 µg |
| 定制 |
Alt-R™ HDR Donor Block, 501-2000 bp, 10 µg |
10 µg |
| 定制 |
Alt-R™ HDR Donor Block, 2001-3000 bp, 3 µg |
3 µg |
| 定制 |
Alt-R™ HDR Donor Block, 2001-3000 bp, 10 µg |
10 µg |
IDT Alt-R™ CRISPR-Cas12a（Cpf1）實驗流程
1、設計crRNA，使其間隔區（Spacer）序列與DNA靶序列互補，提交給IDT定制合成crRNA；
2、將crRNA與Cas12a（Cpf1）核酸酶混勻，形成核糖核蛋白體（ribonucleoprotein，簡稱RNP)；
3、將RNP通過電轉染等導入細胞或細胞核；
4、通過crRNA的Spacer識別DNA靶序列，通過Cas12a蛋白識別PAM序列，對DNA進行剪切；
5、對DNA斷裂處進行修復
①進行非同源末端連接修復(Non-homologous end-joining，簡稱NHEJ），實現基因敲除（knockout）；
②（使用IDT序列設計工具）設計供體DNA模板，進行同源重組修復（Homology directed repair，簡稱HDR），實現基因敲入（knockoin）、基因敲除、基因沉默等。
IDT Alt-R™ crRNA序列設計示意圖
Cas12a系統和Cas9系統區別和應用
| IDT Alt-R™ CRISPR |
Alt-R™ CRISPR-Cas12a（Cpf1）系統 |
Alt-R™ CRISPR-Cas9系統 |
| Alt-R™ Cas12a V3核酸酶 |
Alt-R™ Cas12a Ultra核酸酶 |
Alt-R™ Cas9核酸酶 |
Alt-R™ Cas9切口酶 |
| 特點 |
通用(yong)Cas12a酶，富含AT的(de)物種，或使用(yong)CRISPR-Cas9有限制 |
經序列優化的(de)Cas12a酶，比Cas12a通用型(xing)性能(neng)更佳(jia) |
通用Cas9酶，易于使用且(qie)經濟(ji)實(shi)惠 |
突(tu)變的Cas9酶，保(bao)留單(dan)鏈切(qie)割能力 |
| PAM識別 |
TTTV |
TTTN |
NGG |
| DNA切割 |
雙鏈(lian) |
雙鏈 |
單(dan)鏈 |
| 末端 |
5’突出(chu) |
平(ping)末端(duan) |
5’突出/3‘突出 |
| 建議用途 |
無法使用(yong)Cas9的實驗 |
需(xu)要高基因(yin)編輯(ji)效(xiao)率(lv)的實驗 |
一般實驗 |
適用(yong)于(yu)同時使(shi)用(yong)2種crRNA，各自識別并切割2條鏈中一條，通過將spacer由20nt提(ti)高(gao)到40nt，實現更高(gao)特異性 |
| 規格 |
100 μg或500 μg |
| Cas12a+crRNA |
crRNA |
20-24nt特異性序列(lie)（推薦使用21nt），20nt通用序列(lie) |
\ |
| Cas9+gRNA |
crRNA |
\ |
19-20nt特異性序(xu)(xu)列（推薦使用20nt），16nt通用序(xu)(xu)列 |
| tracrRNA |
\ |
67nt通(tong)用(yong)序列 |
| Cas9+sgRNA |
sgRNA |
\ |
19-20nt特(te)異性序(xu)列（推(tui)薦使用20nt），80nt通用序(xu)列，經過序(xu)列修飾，不會引起細胞免疫反(fan)應，不會激活無關的基因 |
注：
N=任意堿基
V=A、C、G
參考文獻
1.Conformational Activation Promotes CRISPR-Cas12a Catalysis and Resetting of the Endonuclease Activity. Stefano Stella,et al., Cell, Volume 175, Issue 7, 13 December 2018, Pages 1856-1871.e21
2. Switching the activity of Cas12a using guide RNA strand displacement circuits
. Lukas Oesinghaus & Friedrich C. Simmel, Nature Communications volume 10, Article number: 2092 (2019)
3. Sequence-Specific Recognition of HIV-1 DNA with Solid-State CRISPR-Cas12a-Assisted Nanopores (SCAN). Reza Nouri,et al., ACS Sens. 2020, 5, 5, 1273–1280
4. Ultrasensitive and visual detection of SARS-CoV-2 using all-in-one dual CRISPR-Cas12a assay. Xiong Ding,et al., Nature Communications volume 11, Article number: 4711 (2020)
5. Broad-spectrum enzymatic inhibition of CRISPR-Cas12a. Gavin J. Knott,et al., Nature Structural & Molecular Biology volume 26, pages315–321(2019)
6. Structural Basis for the Inhibition of CRISPR-Cas12a by Anti-CRISPR Proteins. HengZhang,et al.,Cell Host & Microbe, Volume 25, Issue 6, 12 June 2019, Pages 815-826.e4
7. Kinetic Basis for DNA Target Specificity of CRISPR-Cas12a. Isabel Strohkendl,et al., Molecular Cell,Volume 71, Issue 5, 6 September 2018, Pages 816-824.e3
更(geng)多Alt-R™ CRISPR-Cas12a（Cpf1）系統細節，歡(huan)迎點(dian)擊右側在(zai)線咨詢
——IDT中國(guo)一(yi)級(ji)代理商，北京澤平
IDT相關產品
CRISPR/Cas9基因編輯系(xi)統(tong)——crRNA、sgRNA定制(zhi)合成(cheng)服務，通用Cas9核酸酶、dCas9蛋白
oligo寡合苷酸——單鏈(lian)/雙(shuang)鏈(lian)DNA、RNA、PCR引物定制合成服(fu)務
qPCR引物和(he)探針(zhen)——qPCR引物、單/雙淬滅探針(zhen)、LNA鎖(suo)核(he)酸探針(zhen)、MGB探針(zhen)定(ding)制合成服(fu)務，SNP基(ji)因型鑒定(ding)系統、qPCR預混液
LONZA 4D-Nucleofector細胞核轉(zhuan)染系統